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1946年冬,萧采瑜与夫人綦秀惠一起回归祖国,并带回了他多年辑录的一整套半翅目昆虫分类学研究的文献资料。其中最为珍贵是他亲自拍摄的显微胶片和几十盒半翅目昆虫标本。后箫采瑜与夫人綦秀惠均投入了祖国的科学教育事业,他任南开大学生物系主任兼天津市自然博物馆馆长,夫人任植物学教授。从此,他潜心于昆虫分类学的研究,积累了许多科学研究资料,培养了不少科技人才。他培养的助手和研究生,不少成了国内科研和教学工作的骨干力量。1959年加入中国共产党,并成为科技战线上的领导骨干。
1973年他拟订了《中国蝽类昆虫鉴定手册》编纂方案,并积极实施编写。第一册约40万字,由科学出版社于1977年出版。这是国内首次出版、记载种类较广的蝽类昆虫分类学的专业著作, 其中有200余种在国内外属首次发现和载录。萧采瑜曾任中国昆虫学会理事、天津生物学会理事长,天津市、河北省人大代表和政协委员。通晓英、德、日、俄、法、拉丁等多种专业外文,先后发表过60余篇科学论文,在国内外享有很高声誉。1978年6月27日于天津病逝。
临终前,他嘱托后人,将其关于半翅目昆虫分类学研究的书籍和资料,全部献给南开大学图书馆。 在这些书籍和资料中,有外国著名昆虫学家的专著160多册;有他与世界各地专家交流中积累的论文资料2300篇;有他在国外翻拍的文献放大书册20多本,还有文献缩微胶卷一宗,共3600多篇论文。他的助手们根据这些珍贵的资料,继续整理、出版了《中国蝽类昆虫鉴定手册》的后三册,完成其未竟之业。第二册于1981年出版,其中记载属国内首次发现的蝽类昆虫有230多种。
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