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1910年(清宣统二年)12月间,东北地区鼠疫流行,哈尔滨疫情严重,仅道外(傅家甸)平均每天死亡50余人,最高达170余人。当局虽有措施,但不能控制疫情蔓延,伍连德作为全权总医官到哈尔滨,迅速组织防疫队伍,深入到道外疫区探查疫源,并采取了控制交通、-疫区、隔离病人、火化病尸等一系列措施,经过3个月的艰苦工作,控制了这场震惊中外的鼠疫大流行。清政府特赐予他医学进士。1911年4月世界防疫会议在奉天(今沈阳)召开,有来自12个国家的专家参加,他为中国首席代表,并任大会主席。在会上他所提防疫主张及理论,受到与会专家的高度评价,被誉为战胜瘟疫的斗士。
1912年中华民国政府委任伍连德为大总统侍从医官。1913年在哈尔滨市主持东北防疫总处工作,并任滨江医院院长。1916年、1917年先后参加了中华医学会于广州、上海召开的第一、第二次代表大会,被选为会员。1918年任北京中央医院第一任院长。1919~1920年参加东北防治霍乱、鼠疫工作。1923年被授予上海圣约翰大学理科博士学位。1923年协助奉天督军张作霖创办东北医院。1924年留学美国,获公共卫生博士学位。1926年发表防鼠疫论文,日本东京医科大学授予医学博士学位。同年9月9日,滨江医学专科学校在道外保障街成立,伍连德任校长。1927年3月应国际联盟卫生部聘请,赴欧洲各国对医学科学和卫生医学的发展进行考察。1928年,滨江医学专科学校由特区接办,改称哈尔滨医学专门学校(哈尔滨医科大学前身),迁南岗原道胜银行旧址。1931年"九·一八"后,伍连德离开哈尔滨去北京,任全国海港检疫总监。1937年日军攻占上海后,他辞职返马来西亚定居。1960年逝世,终年81岁。
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