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主要从事纤毛虫原生动物分类学、系统学和细胞学研究。领导开创了全球海洋纤毛虫多样性研究的新局面;完成了对凯毛虫等大量代表类群的个体发育模式研究,首次揭示了一系列细胞结构分化的新现象;主持开展了纤毛门主要类群的分子系统学探讨及海洋纤毛虫DNA库的构建。主持完成的成果获得国家自然科学奖二等奖、4项教育部自然科学奖一等奖并曾先后获中国青年科学家奖及两项国际原生动物学领域个人学术成就奖。
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